Come in tutti i videogiochi della serie principale, anche Pokémon Rubino Omega e Zaffiro Alpha hanno una varietà di Pokémon definiti esclusivi in base alla versione. In Rubino Omega possono essere catturati Pokémon che non si possono ottenere in Zaffiro Alpha, e viceversa. Per completare il Pokédex Nazionale c’è quindi bisogno di ricorrere agli scambi: i più comuni sono gli scambi diretti con un amico che possiede l’altra versione del gioco, e quindi i suoi Pokémon esclusivi, tramite il PSS (sia in connessione locale che Wi-Fi su internet). Altrimenti è possibile fare una richiesta online, o accettarne una già presente, sulla Global Trade Station.
Ecco di seguito la lista dei Pokémon esclusivi delle due versioni:
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Sezione a cura di Ricca.