Come tutti i videogiochi della serie principale, Pokémon: Let’s Go, Pikachu! e Pokémon: Let’s Go, Eevee! hanno alcune differenze tra le due versioni. Oltre ovviamente al Pokémon compagno, Pikachu e Eevee, che non può essere scambiato tra le due versioni, in ciascuna versione appariranno dei Pokémon selvativi esclusivi, e per poter ottenere un Pokémon che appare solo in una delle due versioni, bisognerò scambiarlo.
Pokémon esclusivi della versione Let’s GO, Pikachu!
Sandshrew, Sandslash, Oddish, Gloom, Vileplume, Growlithe, Arcanine, Sandshrew Forma Alola, Sandslash Forma Alola, Mankey, Primeape, Grimer, Muk, Grimer Forma Alola, Muk Forma Alola, Scyther.
Pokémon esclusivi della versione Let’s GO, Eevee!
Vulpix, Ninetales, Meowth, Persian, Bellsprout, Weepinbell, Victreebel, Meowth Forma Alola, Persian Forma Alola, Ekans, Arbok, Koffing, Weezing, Pinsir, Mega Pinsir.
