A partire dalle versioni Rubino & Zaffiro per Game Boy Advance, è stata inserita nel gioco una nuova modalità di lotta: la Lotta in doppio. Consiste nel mandare in campo fino a quattro Pokémon contemporaneamente, due Pokémon per ogni allenatore. Questo tipo di lotta è molto simile a quella normale. Prima di tutto, bisogna sapere che verranno mandati in campo il primo Pokémon in squadra ed il secondo. Bisognerà scegliere un attacco per ogni Pokémon tenuto in campo e scegliere contro quale Pokémon avversario scagliarlo. Ci sono però alcune mosse che attaccano entrambi gli avversari e mosse che potrebbero colpire anche i vostri compagni di squadra.
Vedi anche:Strategie sulle lotte in doppio.